رياست سازمان
اداره كل توسعه منابع انساني
اداره كل امور مالي
مديريت حقوقي
دفتر برنامه و بودجه
مديريت نوسازي و تحول اداري
معاونت صيد و بنادر ماهيگيري
دفتر امور صيد و صيادي
دفتر بنادر ماهيگيري
دفتر حفظ و بهسازي منابع دريايي
اداره كل مطالعه و احداث بنادر صيادي
معاونت آبزي پروري
دفتر بازسازي ذخايرآبزي
دفتر توسعه منابع آبزي و ماهيان آب شيرين
دفتر امور ميگو و آبزيان دريايي
مديريت فني و امور آبزي پروران
دفتر رياست, روابط عمومي و اموربينالملل
مديريت ارزيابي عملكرد و پاسخگويي به شكايات
مديريت حراست
دفتر بهبود كيفيت، فراوري و توسعه بازار آبزيان
يگان حفاظت منابع آبزي